MTでは記事(エントリー)を投稿していくことによってデータベースが作られます。
そのデータベースからどの記事をどこにどのようにHTMLファイルで自動生成し、ブラウザで表示するのかを指定するのがテンプレートです。テンプレートはMTの管理画面のテンプレートを開くと確認・編集できます。
MTがデータベースだというイメージを図にすると下のようになります。
私はMTを始める前はホームページビルダーでHTMLのサイトを作っていたので、下の図を見ても「投稿した記事=データ(ベース)」というイメージがわきませんでした。ブログ自体まったく触ったこともなかったので・・・。今ならわかるんですけど(^-^)

テンプレートはデフォルトで設定されているものの他にも追加することができます。
作ったばかりのサイトならデフォルトのテンプレートで十分だと思います。
ある程度出来上がっているサイトをMT化する場合や、MTでサイトを運営していく中で、サイトの構築にデフォルトのテンプレートだけでは足りない場合に新しいテンプレートを追加して行けばいいと思います。